مخزن‌الاسرار منظومه‌اي است حكمي - اخلاقي و تا حدودي عرفاني كه قابل تقسيم بر سه بخش مشخص است: بخش نخست كه بيش‌تر حاوي مقدمات سنتي از قبيل توحيد و مناجات، نعوت پيامبر اكرم، مدح ممدوح، بيان اهميت و مقام اين دفتر و امثال اين‌هاست؛ دوم بخشي كه مي‌توان آن را عرفاني خواند، شامل توصيف دل و عوالم آن و بيان چگونگي خلوت پرورش دل؛ سوم بيست مقاله كه بيش‌تر موضوعات آن‌ها را امور اخلاقي و ديني تشكيل مي‌دهد؛ مقالاتي كاملا مستقل از يكديگر كه خط فكري ويژه‌اي را دنبال نمي‌كند و هر مقاله مذيل به حكايتي در اثبات مطلب است.